Moduł fakturowania w panelu online Mobevo umożliwia wystawiania faktur zaliczkowych.
Pierwszym krokiem do wystawienia faktury zaliczkowej, jest utworzenie faktury pro forma. Faktura pro forma powinna zwierać pełną wartość towaru lub usługi (pełną wartość projektu), do której następnie będą wystawiane kolejne faktury zaliczkowe oraz faktura końcowa.
Po wystawieniu faktury proforma należy ją zatwierdzić. W przypadku, gdy w trakcie realizacji usługi lub dostawy towarów wartość końcowa faktury pro forma ulegnie zmianie, należy cofnąć zatwierdzenie i zmodyfikować odpowiednio wartość.
Wystawianie faktury zaliczkowej
Fakturę zaliczkową można wystawić w dwojaki sposób:
- z poziomu faktury proforma,
- z poziomu listy faktur.
Aby wystawić fakturę zaliczkową korzystając z pierwszego sposobu, wejdź do utworzonej wcześniej faktury pro forma przyciskiem Edytuj. Następnie wybierz przycisk 
dostępny nad listą pozycji faktury.
W nowo utworzonej fakturze ustawi się automatycznie typ faktury jako zaliczkowa oraz faktura zostanie powiązana z odpowiednią fakturą proforma.
Jeśli dana faktura zaliczkowa jest kolejną fakturą do danej faktury pro forma, lista poprzednio wystawionych faktur zaliczkowych będzie widoczna pod tabelą z pozycjami faktury.
Drugi sposób na wystawienie faktury zaliczkowej to przejście do listy faktur, kliknięcie przycisku 
i wybór faktury VAT. Następnie należy ustawić typ faktury jako zaliczkowa lub końcowa i wybrać fakturę proforma, z którą będzie rozliczana dana faktura.
Faktura końcowa
Faktura końcowa to ostatnia faktura rozliczająca pełną wartość faktury proforma. Co do zasady jeśli wystawiasz tylko jedną fakturę zaliczkową, która rozlicza pełną wartość projektu, wtedy jest ona jednocześnie fakturą końcową i nie musi być ona oznaczona jako końcowa. Jeśli natomiast faktur zaliczkowych było kilka, to ostatnia faktura powinna być oznaczona jako końcowa.
Suma wszystkich faktur zaliczkowych i końcowej nie może przekroczyć wartości faktury pro forma. Aby zapisać końcową fakturę rozliczającą fakturę proforma, należy zmodyfikować wartość tej faktury i ponownie zapisać lub zmodyfikować wartość faktury proforma.